Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que...
Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés...
Le fils illégitime du shogun décapite un paysan, ce qui entraîne le nomade Nemuri Kyoshiro dans de nouvelles aventures de combat à l'épée lorsqu'il est accusé de la décapitation.
Au 17ème siècle, au Japon, des bandes itinérantes de hatamoto (hommes du Shogun) causaient des problèmes dans la nouvelle capitale d'Edo et se battaient constamment avec les habitants de la ville. Le chef de ces impitoyables samouraïs était Mizuno Jirozaemon, qui malgré son rang élevé...
