Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
Procureur redouté, Claire Kubik mène une vie de rêve à Marin County avec son mari Tom, un entrepreneur indépendant dont les affaires fonctionnent plutôt bien. Tous deux s'aiment, envisagent de fonder une famille, lorsqu'un crime imprévisible commis dans leur maison, un cambriolage qui tourne...
Les aventures de Speed, jeune pilote en quête de gloire à bord de son rugissant Mach 5. Le film suit aussi les parcours d'autres personnages bien connus des fans comme tous les membres de la famille de Speed mais aussi son mystérieux rival Racer X.
