À travers l'histoire, sur trois générations, d'une famille de commerçants du Kyushu, le film justifie les conquêtes militaires du Japon depuis la Restauration de Meiji (1868). Il retrace surtout la vie de la troisième génération, dans les années 1930 et 1940.
Après un an d'absence, Tora revient à Shibamata, le quartier de son enfance à Tokyo. Après des retrouvailles un peu agitées, il décide de partir pour Kyoto pour retrouver sa mère, Kiku, dont il rêve souvent.
Deux hommes suspects arrivent sur une île. Les habitants de l'île, qui ne connaissent pas la véritable identité de ces hommes, croient à leurs histoires et les traitent bien, mais lorsqu'ils réalisent ce qu'ils ont en tête, l'histoire prend une tournure étrange…
Au cours de son voyage, Zatoichi croise la route d'un vieux forgeron, qui le prévient de la prochaine "cassure" de sa fameuse épée. Le masseur prend la nouvelle comme un cadeau du ciel et décide de finalement tenter de se poser ; mais l'appel aux armes ne se fait pas attendre très longtemps,...
