Excédé par l’injustice de son gouvernement, le Général Hummel se rend maître de l’île d’Alcatraz et menace de lancer un gaz mortel sur San Francisco. Deux hommes sont chargés de le contrer : un expert en armes chimiques, Stanley Goodspeed, et John Patrick Mason, l’unique prisonnier...
Les Ghoulies sont de retour pour retrouver un certain Jonathan Graves, qui serait apparemment le seul à pouvoir les aider à retourner dans leur dimension. Mais une autre personne est à la recherche de Jonathan avec des intentions fort peu louables. Qui retrouvera Jonathan en premier ?