Macross Delta se déroule lors de l'année 2067, 8 ans après les événements de la dernière série TV Macross, Macross Frontier. L'histoire se concentre sur Walküre, une équipe d'idoles talentueuses et pilotes de Valkyrie, ainsi que sur l'escadron Delta, un groupe de pilotes de Valkyrie...
Le sergent Keroro et ses quatre subordonnés sont venus de la planète Keron sur la Terre pour la conquérir. Cependant, sans préavis, ils ont commencé à profiter de la vie sur Terre. Keroro devait rester avec Hitana pour avoir la chance de conquérir la Terre, mais il s'est lié d'amitié avec...
Les Walkure sont accueillies à Windermere à l’occasion d’un concert célébrant la paix enfin retrouvée. L’occasion pour Freyja de retourner dans son village natal. Mais alors que la fête bat son plein, une nouvelle menace se profile…
