Hideo, assistant-dessinateur de mangas, n'a pas la vie idéale qu'il espérait. Il gagne peu d'argent, ne parvient pas à faire éditer ses mangas, et sa compagne le met à la porte alors qu'un étrange virus se propage dans tout le pays. Hideo assiste à la destruction de la société japonaise...
On suit l'histoire de Kotono, une très belle Geisha, qui a hérité de l'épée de son père et qui poursuit Hyoe, l'homme qui est l'assassin de son père. Elle rencontre sur son chemin des Ninjas et Assassins qui vont l'aider à découvrir le secret de son épée.
