Sukeban, un jeune homme au physique féminin est inscrit par son père dans une école pour fille. La il va découvrir que plusieurs gangs régissent la vie de tous les jours, bien décider à en finir il va déclencher une véritable guerre qui laissera tout le monde sur le carreau.
La guerre entre les clans ninjas Iga et Sanada s'intensifie, et un armurier de renom est dans le collimateur des deux clans. Shinsuke Kakei, l'armurier, est essentiellement un pacifiste, mais il pense que ses armes peuvent apporter la paix dans le pays si elles sont entre les mains du bon groupe....
Hattori Hanzo et le clan Iga tentent de trouver le passage secret pour infiltrer le château d'Ueda et assassiner ses dirigeants. Kasumi, accompagnée de son maître, est chargée de déjouer leur complot. Les membres du clan Iga se font passer pour des mercenaires errants et manipulent un garde...
