Un père qui avait coupé les ponts avec son fils se voit dans l'obligation de traverser l'Atlantique après la mort de ce dernier, décédé durant le pèlerinage reliant la France à Saint-Jacques-de-Compostelle.
Mexique, 1900, pendant le règne du dictateur Porfirio Diaz. Un prêtre, Nazarin, protège les parias et subit l'opprobre de ses pairs et de ceux qu'il défend. A cause de sa grande charité, lui-même vit dans une indigence proche de la misère. Il se sacrifie et se dévoue tout en se sachant...
Le propriétaire Andrès Cabrera veut mettre dehors, pour vendre le terrain, les humbles locataires d'un immeuble qu'il loue. Don Carmelo à leur tête, ces derniers s'y opposent. Cabrera engage un homme de main pour les terroriser. "El Bruto" frappe Don Carmelo si sauvagement que celui-ci succombe...
Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.
