Dans le Japon féodal, la légende des ninjas se perpétue dans Watari, le garçon ninja, un film qui ne ressemble à aucun autre. C'est l'histoire d'un jeune garçon doté de pouvoirs quasi mystiques. Ses compétences en ninjutsu dépassent l'imagination alors qu'il infiltre le clan rival des Iga...
Après avoir tué un officier de haut rang lors d'un duel illégal, un samouraï de bas rang est déclaré fou et est défié en duel par le clan auquel appartenait son adversaire mort.
Jirozaemon est un riche et honnête fabricant de soie qui avait été abandonné à la naissance par une famille inconnue mais sans doute aisée. Il est affecté d'une cicatrice au visage dont l'extrême laideur fait fuir les femmes. Comme il souhaite une épouse coûte que coûte, des clients lui...