Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.
Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle...
Selon la légende, trois univers coexistent sur notre planète : le monde des humains, le monde des hommes-bêtes (Jiyunjikaï) et le monde cauchemardesque des démons (Makaï), capables de se fondre dans le corps de jeunes filles. Tous les 3000 ans naît Chojin, un démon qui a le pouvoir d'unir...
Tokyo dans un futur proche. Un fléau tel que l'humanité n'en a jamais connu s'abat sur la ville : un virus baptisé "Démon" attaque le code génétique des êtres humains pour les métamorphoser en créatures dantesques, sanguinaires.
Ninja Resurrection se déroule à l' époque Tokugawa , à une époque où les chrétiens du Japon étaient persécutés . Le chef de la rébellion de Shimabara , Amakusa Shirō , espérait résister aux forces gouvernementales attaquant des chrétiens comme lui, mais est assassiné. Peu de temps...
Dans le Japon de l'après-guerre, le petit monde des geishas de Kyoto tente de résister à la loi anti-prostitution et aux mouvements féministes qui les forcent à renoncer à leur conditions.