Après un an d'absence, Tora revient à Shibamata, le quartier de son enfance à Tokyo. Après des retrouvailles un peu agitées, il décide de partir pour Kyoto pour retrouver sa mère, Kiku, dont il rêve souvent.
Une jeune femme samouraï rencontre un messager mourant et accepte de lui remettre le parchemin qu'il transportait à destination. Cependant, à son insu, le rouleau est en fait la formule d'une nouvelle sorte de poudre à canon. Un clan maléfique qui projette de renverser l'empereur est...