Dans les années 80, à Tokyo, une étrange expatriée est soupçonnée d'avoir tué son amie, disparue à la suite d'un triangle amoureux entre elles et un photographe local.
Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.
En 1986, des ados d'origine coréenne ayant grandi à l'étranger partent en colonie de vacances à Séoul pour en apprendre davantage sur leur héritage culturel.