Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Étant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans lequel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la...
Suite aux révélations qui ont été faites de la part de Ryoji, les S.E.E.S doivent faire un choix très difficile qui semble n'avoir pourtant qu'une seule issue. Le moral est au plus bas, mais Makoto décide de prendre les devants avant que le monde ne disparaisse…
