Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager afin de chercher une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une unique porte délabrée trônant au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du...
Dans le futur, à New York, Kate, Rose, Rachel et Claire mènent une vie scolaire normale et un nouvel élève de transfert arrive... L'élève transféré, Louis, veut être ami avec Kate. Cependant, quelque chose arrive à "Red Garden". Quelle est la vérité derrière tout cela ?