An UC 0123. Trente ans se sont écoulés depuis l'ultime révolte de Char Aznable (évènements de la première saga close par le film Mobile Suit Gundam : Char contre-attaque) et la Terre connaît une période de paix et de prospérité sans précédent. La guerre paraît déjà lointaine et Neo...
L'histoire se passe dans le futur, après le crash d'un vaisseau alien. A-ko, une jeune fille rousse extrêmement forte et rapide, intègre, avec sa meilleur amie C-ko, la Graviton High School où elles font la connaissance de B-ko. Par la suite, elles devront affronter une race d'alien,...
Trois semaines après l'incident qui a laissé le vaisseau spatial du capitaine Napolipolita en équilibre sur Graviton City, A-Ko et le gang partent en vacances d'été. Alors qu'A-Ko envisage de perdre du poids et que B-Ko conçoit un autre plan pour vaincre sa rivale rousse pour gagner le cœur...
En Irak, un groupe d'archéologues découvre d'anciennes reliques qui prophétisent l'arrivée d'une race supérieure et la fin de toute civilisation. Pendant ce temps, de retour à Graviton City, alors que la rivalité entre A-Ko et B-Ko sur Kei s'intensifie, M. Daitokuji organise un mariage...
