Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d'univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses...
Dans un monde dévasté par la guerre nucléaire, deux pratiquants d'un art martial millénaire doivent s’affronter pour décider du destin de l'humanité. Raoh, qui a choisi d'unifier le monde par la force, fait face à une armée menée par Julia, la fiancée de son jeune frère d'armes,...
Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.
