Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le...
Suite au décès de son père, l’officier de police Daimon Yutaka hérite d’un puissant robot guerrier nommé Zaborgar, expert en arts martiaux et ayant le pouvoir de se transformer en moto. Les deux justiciers vont dès lors devoir se confronter à Sigma, une organisation démoniaque.
