La trame suit une petite princesse poisson rouge appelée Ponyo qui veut désespérément devenir humaine. En cherchant ce faire, elle devient amie d'un garçon de cinq ans, Sôsuke.
Haruka est une fille unique de 16 ans qui a perdu sa mère lorsqu'elle était enfant. Elle continue de vivre avec son père, mais celui-ci est constamment occupé par son travail ce qui crée des conflits entre eux. Quand sa mère était encore en vie, elle a reçu de sa part un miroir comme cadeau...
