Alors qu'un garçon courageux, mais dépourvu de pouvoirs magiques, rêve de devenir empereur-mage, quatre anciens empereurs-mages reviennent pour anéantir le royaume de Clover.
Tout débute lorsqu'Arata touche accidentellement Hermes Apocrypha, le grimoire de Lilith. Cela a pour conséquences de faire apparaître une fille se nommant Lilim et qui considère Arata et Lilith comme ses parents. Pendant ce temps, dans la bibliothèque, est scellé le Seigneur des Démons...
Kasuga Arata et Lilith Asami enquêtent dans des ruines quand tout à coup, une lumière blanche laisse apparaître un homme qui ressemble à Arata. Il s'avère être un seigneur démon et tandis qu'il vient de retrouver tous ses pouvoirs, il n'a qu'un seul but : détruire le monde. Mais il fait...
Alors que Fu et ses amis entament leur troisième et dernière année de lycée, le club de photographie accueille deux nouveaux membres : Takumi Shindou, en première année, et Suzune Maekawa, en deuxième année. En réfléchissant à ce qu'elle fera après son diplôme, Fu décide de poursuivre...
Alors que la cérémonie de graduation des troisième années se terminent, le groupe µ's s'était fait à l'idée que son parcours s'arrêterait là. Effectivement, trois de leur membres qui étaient en troisième année viennent d'être gradués du lycée et n'ont donc plus le statut de School...