En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
L’histoire nous entraîne au côté de Makoto Makazono, un lycéen capable de voir les shinigami qui volent les âmes des vivants.Habitué à y faire abstraction, Makoto se retrouve devant un dilemme quand son amie d’enfance se retrouve être la cible de l’un d’entre eux.
Le monde a commencé à s'effondrer. Le déchaîné Meicoomon absorbe Tailmon, qui a subi une sombre évolution, et se transforme en l'immensément puissant Ordinemon. Conformément aux prévisions d'Yggdrasil, le monde réel est sur le point d'être englouti par le monde numérique. Pendant ce...