L'agence Mission Impossible est dissoute et Ethan Hunt se retrouve désormais isolé. Il doit affronter un réseau d’agents spéciaux particulièrement entraînés, le Syndicat. Cette organisation sans scrupules est déterminée à mettre en place un nouvel ordre mondial, à travers des attaques...
Alors qu'Ethan Hunt est chargé de récupérer du plutonium volé, il décide de sauver son équipe plutôt que de mener à bien cette mission. Les armes nucléaires se retrouvent ainsi dans les mains d'un groupe terroriste nommé « les Apôtres », formé après l'arrestation de Solomon Lane...