Alors qu'Ethan Hunt est chargé de récupérer du plutonium volé, il décide de sauver son équipe plutôt que de mener à bien cette mission. Les armes nucléaires se retrouvent ainsi dans les mains d'un groupe terroriste nommé « les Apôtres », formé après l'arrestation de Solomon Lane...
L'agence Mission Impossible est dissoute et Ethan Hunt se retrouve désormais isolé. Il doit affronter un réseau d’agents spéciaux particulièrement entraînés, le Syndicat. Cette organisation sans scrupules est déterminée à mettre en place un nouvel ordre mondial, à travers des attaques...
