Alors qu'Ethan Hunt est chargé de récupérer du plutonium volé, il décide de sauver son équipe plutôt que de mener à bien cette mission. Les armes nucléaires se retrouvent ainsi dans les mains d'un groupe terroriste nommé « les Apôtres », formé après l'arrestation de Solomon Lane...
La dissimulation par le gouvernement des causes d'une explosion massive dans une métropole britannique futuriste incite la journaliste photo Jennifer Preston à rechercher la vérité et, ce faisant, ouvre un phénomène paranormal qui hante la ville.