Don Quintin Guzman, voyageur de commerce, n'est pas heureux en affaires. En rentrant chez lui après une mission ratée, il surprend son épouse dans les bras de son meilleur ami. Fou de rage, il chasse sa femme, qui au passage, lui annonce qu'il n'est pas le père de sa fille. Profondément...
Le propriétaire Andrès Cabrera veut mettre dehors, pour vendre le terrain, les humbles locataires d'un immeuble qu'il loue. Don Carmelo à leur tête, ces derniers s'y opposent. Cabrera engage un homme de main pour les terroriser. "El Bruto" frappe Don Carmelo si sauvagement que celui-ci succombe...
Mexique, 1900, pendant le règne du dictateur Porfirio Diaz. Un prêtre, Nazarin, protège les parias et subit l'opprobre de ses pairs et de ceux qu'il défend. A cause de sa grande charité, lui-même vit dans une indigence proche de la misère. Il se sacrifie et se dévoue tout en se sachant...
Dans une hacienda mexicaine règne El Jefe, un riche et puissant propriétaire foncier. Sa fille étant tombée enceinte, il la torture pour qu'elle lui révèle le nom du séducteur: Alfredo Garcia. El Jefe offre alors une récompense d'un million de pesos à qui lui rapportera la tête de l'homme...
Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.
