Lorsqu'un personnage mystérieux commence à cibler les alchimistes d'État pour leurs péchés contre Dieu, l'alchimiste Edward Elric et son frère Alphonse sont les plus vulnérables, tandis que les homoncules recommencent à se dévoiler.
Le long et tortueux périple des frères Elric s'achève dans ce dénouement épique, où ils doivent combattre une menace qui se veut divine et pourrait détruire leur nation.
Pour défendre leur royaume contre une invasion soudaine, un puissant général retourne sur le champ de bataille aux côtés d'un orphelin de guerre, devenu adulte, qui rêve de gloire.