En 1882, Sanshiro Sugata débarque dans un port japonais pour apprendre le jiu-jitsu auprès du maître Momma. Mais c'est finalement le judo, par l'intermédiaire d'un autre grand maître, qu'il choisira. Entre les deux écoles, l'affrontement sera sévère.
Le Japon entre 1543 et 1562. Kansuke Yamamoto rêve d'un pays unifié et apaisé. Il entre au service du chef de clan Shingen Takeda et devint son général et conseiller, prêt à parvenir à son but par tous les moyens.
Tokyo, fin du XIXe siècle. Cinq ans ont passé depuis les premières aventures de Sanshiro Sugata. Le vaillant judoka perfectionne son art du judo au près de Yano, son maître vénéré. Il est toujours autant épris de Sayo, la fille de l'un de ses anciens adversaires. Mais c'est un autre vieil...
Takezo, qui deviendra bientôt Miyamoto Musashi, sort du château de Himeji après trois années de contemplation intense et d'études philosophiques, et entame sa quête épique pour maîtriser pleinement la Voie.
Le légendaire épéiste borgne et manchot Tange Sazen est de retour pour aider un magistrat dans ses efforts pour récupérer l'argent de la corruption et en faire bénéficier les agriculteurs pauvres dans la région d'Edo.
