À la fin du XVIe siècle, sur les rives du lac Biwa, les guerres féodales font rage. Le potier d’un village, Genjuro, et son beau-frère Tobei décident de rejoindre la ville, l’un rêvant de faire fortune, l’autre de devenir samouraï. Sur un marché, Genjuro rencontre la princesse Wakasa...
Après l'injuste condamnation à se faire hara-kiri infligée à un jeune samouraï, quarante-sept de ses compagnons le vengent en se faisant à leur tour hara-kiri sur sa tombe.
Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés...
Osen, une ancienne prostituée brisée par le temps et à demi folle, est assise dans la salle d'attente d'une petite gare noyée sous la pluie. Dehors, Sokichi, un médecin, attend lui aussi le train sans qu'elle ne le remarque.