Thomas et ses amis font face à encore leurs craintes! Après une tempête monstrueuse sur l'île de Sodor, un glissement de terrain expose quelques traces très inhabituelles. Thomas et Percy sont impatients de savoir ce qui aurait pu faire ces marques, mais les obstacles et les dangers semblent...
Entraînés par le petit train et la musique des mots, les enfants découvrent le monde imaginaire de Thomas et ses amis James, Percy, Henry, Emily, Gordon et le Gros Contrôleur qui veille au bon fonctionnement des opérations.
Un invité spécial arrive sur Sodor avec un projet secret. Les locomotives rencontrent de nouveaux amis et trouvent des vestiges cachés. Ensuite, leur courage est mis à l'épreuve lorsque leur nouvel ami Stephen disparaît. Thomas le retrouvera-t-il à temps ? Les locomotives découvriront-elles...