Indiana Jones se lance cette fois‐ci à la recherche du Saint Graal, accompagné de l'éminent et très maladroit Dr Henry Jones, son père. Malheureusement, ils ne sont pas les seuls lancés sur la trace du trésor, les nazis le convoitent également.
Le commandant John Bolton est un des rares rescapés du naufrage du sous-marin britannique "Gauntlet" qui fut expédié par le fond, par le puissant torpilleur teuton "Lindendorff". Il est immédiatement envoyé dans une base ultrasecrète du nord de l'Ecosse, afin de former une nouvelle équipe...