En pleine nuit, le 5 septembre 1972 alors que les jeux olympiques battent leur plein, un groupe de huit palestiniens s'introduit dans un bâtiment du village olympique hébergeant les athlètes de la délégation israélienne. Ils prennent en otage un groupe d'israéliens et abattent deux fuyards...
Blessé au front, Stroszek, un jeune soldat allemand, est affecté sur une île à la garde d'un fort. Éloigné des combats, réduit à l'inaction, le conscrit s'astreint à effectuer des tâches inutiles mais nécessaires à son équilibre mental. Bientôt son comportement inquiète les îliens.
