Nanase Nobata est étudiante et vit avec son père Kei, directeur d'une industrie pharmaceutique, mais ils ne s'entendent pas très bien. Un jour, son père meurt subitement. Il a en réalité pris une drogue le mettant dans un état de mort simulée pendant 2 jours, son but étant de savoir qui...
Autrefois, les Hunters ont été divisés en deux groupes. Un côté Lumière et un côté Ténèbres. Chacun emprunta une voie différente. Plusieurs années plus tard, le côté des Ténèbres ressurgit et attaque Kirua et Kurapika. Ils ont la ferme intention d'exterminer tous les Hunters encore...