En 2113, la Terre, paisible, est envahie par une autre planète appelée Elysium. Quatre guerriers ont le destin de la race humaine entre leurs mains. Van, Christopher, Paul et Nyx devront préserver la paix sur la terre.
En l'an 2044, la race humaine a conquis l'espace sans éviter la menace d'une guerre sur Terre avec les Invids. Mais le passé appartient au passé, et de nouvelle alliances doivent naître car un nouvel adversaire menace de remettre en cause toute la technologie shadow.