La guerre est finie, mais le combat est loin d'être terminé pour Shikishima, pilote rongé par la culpabilité. Peut-il se pardonner et aider à sauver le Japon de la furie de Godzilla ?
Réparti sur trois périodes (l'été il y a dix ans, l'été il y a cinq ans et cet été), Lost Virgin raconte l'histoire de Chisato (Sasaki), une jeune femme qui aime s'amuser, avide de nouvelles expériences, mais qui recherche avant tout l'épanouissement émotionnel.
