Au XVIe siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon...
D'étranges visiteurs puissants et soi-disant pacifiques, les Mysterians, récemment débarqués sur la Terre, demandent au gouvernement de leur fournir quelques jolies jeunes femmes afin de perpétuer leur race en voie d'extinction.
Lorsqu’une espèce rare de papillon est découverte dans une vallée mystérieuse du Japon, deux entomologistes vont enquêter et en trouver d’autres. Ils découvrent Varan, un monstre géant, qui décide de quitter la vallée et de se diriger directement vers Tokyo.
