À la mort de son grand-père, Jacob découvre l'existence d'un monde mystérieux. Plusieurs indices le mènent dans ce lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges...
En 1969, au sein d'une école pour fille en Angleterre, aux usages très stricts, la charismatique Abbie et la complexée Lydia, sont amies. Après qu'une tragédie se soit produite à l'école, une mystérieuse épidémie d'évanouissement éclate et menace la stabilité de tous les collégiens.