An 2201 AD. Âgée de 16 ans, Ruri est à présent le capitaine du nouveau vaisseau Nadesico B, successeur de l’ancien Nadesico désormais désaffecté. Depuis quelques temps, des forces inconnues s’attaquent à plusieurs colonies et Ruri a pour mission de découvrir ce qui se cache derrière...
Après avoir remporté le championnat national de Beyblade, Tyson est défié par le mystérieux Daichi. La puissance de leur affrontement réveille des créatures ancestrales qui souhaitent détruire le monde. Pour affronter ses forces du mal, Tyson et Daichi vont devoir lutter ensemble.
Ryan s'éveille attaché sur un lit de l'hôpital Michelangelo. Il réalise lentement qu'il a une perception particulièrement accrue de son environnement et qu'en contrepartie, il a perdu la mémoire. En utilisant les capacités psychiques qu'il vient de se découvrir, il parvient à se libérer....