Le récit de Sword of the Stranger se déroule dans le Japon de l'ère "Sengoku", en pleine période de guerres civiles. Un rônin sans nom sauve un jeune orphelin, Kotarô, et son chien Tobimaru, lors d'un incendie. Pendant ce temps, une mystérieuse milice venue de Chine recherche Kotarô dans le...
Tous les cinquante ans, émerge de la brune une île mystérieuse au large de la mer. Cette île est habitée par des enfants hanyo qui sont retenus par la Cicatrice Écarlate. L'un des enfants, une petite fille, qui n'a pas encore reçu cette marque, a pu s'enfuir. Mais cette enfant est attaquée...
1926, 15ème année de règne de l'Empereur Taisho. La sérénité semble être au pouvoir, mais dans l'ombre, Tokyo est sous la menace des Kouma, démons issus de l'enfer. Heureusement, les jeunes filles de la Troupe impériale de l'Opéra veillent.