Entraînés par le petit train et la musique des mots, les enfants découvrent le monde imaginaire de Thomas et ses amis James, Percy, Henry, Emily, Gordon et le Gros Contrôleur qui veille au bon fonctionnement des opérations.
Après avoir déterré l’épave d’un bateau de pirates, Thomas part sur les traces du trésor perdu de l’île de Sodor. Mais les ennuis vont bientôt commencer : Thomas et ses amis arriveront-ils à le trouver en premier, ou John, le Marin, va-t-il mettre les voiles avec ce fameux trésor ?