Alors que la cérémonie de graduation des troisième années se terminent, le groupe µ's s'était fait à l'idée que son parcours s'arrêterait là. Effectivement, trois de leur membres qui étaient en troisième année viennent d'être gradués du lycée et n'ont donc plus le statut de School...
Kana, 17 ans, aime passer du temps avec ses amis Mossan, Hijiri et Pets. Ils passent de bons moments jusqu'au jour où un mécha tombe du ciel avec une femme étrange, Haruko. Elle va initier Kana et ses amis à une force appelée ATOMSK. Kana devra alors décider de l'aider ou pas, mais a-t-elle...