À bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoichi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement...
En 1836, lors d'une representation theatrale a Tokyo, l'acteur vedette d'une troupe de Kabuki reconnait parmi les spectateurs les trois meurtriers de ses parents. Il va utiliser l'amour que lui voue une des filles des criminels pour assouvir sa vengeance.
Ryoma Sakamoto, un idéaliste japonais considéré comme étant à l’origine de la chute du régime féodale (période nommée Bakumatsu 幕末, c’est le titre original). Cet homme rêvait de permettre au Japon de s’ouvrir au monde Occidental afin de se moderniser. Mais surtout de pouvoir...