Jintan, Menma, Yukiatsu, Anaru, Tsuruko, Poppo : six enfants qui passent leur temps ensemble dans la petite ville de Chichibu. Un tragique accident va coûter la vie à Menma et provoquer la séparation du groupe. Un été, sept ans plus tard, Jintan, devenu hikikomori, voit apparaître devant lui...
Emma, Norman et Ray coulent des jours heureux à l'orphelinat Grace Field House. Entourés de leurs petits frères et sœurs, ils s'épanouissent sous l'attention pleine de tendresse de « Maman », qu'ils considèrent comme leur véritable mère. Mais tout bascule le soir où ils découvrent...