Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.
Le groupe de corsaires connu sous le nom de Blue Steel poursuit sa mission de livraison aux États-Unis des plans de la torpille à ogive vibrante, une arme qui pourrait faire basculer la guerre en leur faveur. Cependant, une nouvelle menace surgit de leur ennemi, la flotte écrasante du...
En 2039, le réchauffement climatique a provoqué la montée du niveau des mers et la perte d'un grand nombre de territoires. En réaction, un mystérieux groupe de navires de guerre enveloppés de brume, "la flotte de la brume", est apparu aux quatre coins de l'océan et a commencé à attaquer...