Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.
Logan, l’éternel guerrier marginal, se retrouve au Japon. Là-bas, ses griffes en adamantium se heurteront à l’acier des samouraïs. Logan sera confronté à une figure mystérieuse de son passé, dans une bataille épique qui le changera à jamais.