Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle...
Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des « Shadows », ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la « Dark Hour ». C'est à ce moment-là que...
Suite aux révélations qui ont été faites de la part de Ryoji, les S.E.E.S doivent faire un choix très difficile qui semble n'avoir pourtant qu'une seule issue. Le moral est au plus bas, mais Makoto décide de prendre les devants avant que le monde ne disparaisse…
L'histoire suit une fille nommée Akeno Misaki qui s'inscrit au lycée marin des filles de Yokosuka, Kanagawa afin de devenir l'une des sirènes bleues les plus appréciées.
Pendant que Rena et Maki se remettent de leurs blessures, les autres membres du SORD s'envolent à l'étranger pour un voyage scolaire. Quelques instants après leur arrivée, cependant, le gang Mihama est entraîné dans une chasse à l'homme pour un déserteur du SORD, assisté par l'étudiante...
Depuis la disparition de Tsubaki, Mahiru pensait avoir retrouvé une vie paisible. Mais un jour et contre toute attente, il se met à neiger sur la ville. Mahiru se dit que ce temps inhabituel est peut-être lié aux vampires et fait alors appel à Misono Alicein, expert sur ce sujet. C'est alors...