Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
Perdu dans un monde reconquis par la nature et envahi par des créatures mystérieuses, Ethan, un jeune homme amnésique, s'aventure dans un territoire dangereux à la recherche de son amour perdu, Emma. Son périple prend une tournure inattendue lorsqu'il rencontre Mae, une survivante endurcie et...
Un «documentaire» sur l'ascension et la chute du danseur de Chip and Dales devenu star des arts martiaux, Francis Allen Sledgewick, alias Frank Sledge. Lorsque la renommée et la fortune ont fait perdre à Frank le sens de ce qui est vraiment important, il s'est rendu compte qu'il allait devoir...
La vie de Neil et Abby Warner est à tous points de vue parfaite : un couple idyllique, une adorable petite fille, une maison magnifique... Mais tout bascule lorsque leur fille est enlevée. Ils se rendent alors vite compte que le kidnappeur n'en veut pas à leur argent. Il cherche à les détruire...