L'histoire commence là où la série s'était terminée, lorsque Gordon Shumway - mieux connu sous le nom de Alf, acronyme de "Alien Life Form" - est capturé par la Task Force Alien de l'US Air Force alors qu'il tente de quitter la Terre. Alf est alors enfermé à la base Edmonds, sous les ordres...
Depuis plus de 10 ans, la scientifique Nancy Burnham travaille sur le Projet VIPER, un organisme génétiquement modifié, capable de résister à des températures extrêmes. Mais lors de la première mission sur la planète Mars, le voyage vire au cauchemar quand la matière organique s'échappe...
