En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
Les descendantes du légendaire clan ninja Fuma affrontent la famille des samouraïs Yagyu du shogun Tokugawa alors qu'ils kidnappent des femmes dans l'espoir de trouver une concubine pour le shogun. Dans l'Edo du XVIIe siècle, une époque de paix sans précédent sous le règne du shogun Ieyasu...
