Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
L'introvertie Lily arrive dans un nouveau lycée. Elle se lie d'amitié avec trois autres camarades. Les jeunes femmes commencent à pratiquer la magie et invoquent les plus puissants esprits afin de transformer leurs rêves en réalité.
Échappant à peine à une avalanche pendant des vacances de ski en famille dans les Alpes, un couple marié est plongé dans le désarroi alors qu'il est contraint de réévaluer sa vie et ses sentiments les uns envers les autres.
