Après ses spectaculaires débuts dans Captain America : Civil War, le jeune Peter Parker découvre peu à peu sa nouvelle identité, celle de Spider-Man, le super-héros lanceur de toile. Galvanisé par son expérience avec les Avengers, Peter rentre chez lui auprès de sa tante May, sous l’œil...
Peter et ses amis passent leurs vacances d’été en Europe. Mais ils n’auront pas vraiment l’occasion de se reposer puisque Peter accepte d’aider Nick Fury pour débusquer les mystérieuses créatures qui sont la cause des catastrophes naturelles qui frappent le continent.
Le Docteur Strange lance un sort interdit qui ouvre le portail du Multivers, incluant des versions alternatives de lui-même. Cette menace à l'humanité est plus puissante que les pouvoirs combinés de Strange, Wong et Wanda Maximoff.