L'histoire suit une fille nommée Akeno Misaki qui s'inscrit au lycée marin des filles de Yokosuka, Kanagawa afin de devenir l'une des sirènes bleues les plus appréciées.
Neo-Venezia est entré dans un long hiver. Ai, Azusa et Anya, qui s'entraînent ensemble dans le froid, visitent le musée des Ondines, sous la conduite d'Akira qui ne semble pas être comme d'habitude. Au musée, le trio rencontre la directrice, Asuka, sempai d'Akira, connue comme l'ondine...
Les Walkure sont accueillies à Windermere à l’occasion d’un concert célébrant la paix enfin retrouvée. L’occasion pour Freyja de retourner dans son village natal. Mais alors que la fête bat son plein, une nouvelle menace se profile…
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.
