C'est les vacances au village Pingouin. La maîtresse d'Arale Midori doit rentrer chez elle car elle a reçu un coup de téléphone l'avertissant que sa mère ne va pas bien. Cependant une fois qu'elle est arrivée, elle voit que sa mère va bien. C'était un piège conçu par le Dr. Mashirito car...
Ninja Resurrection se déroule à l' époque Tokugawa , à une époque où les chrétiens du Japon étaient persécutés . Le chef de la rébellion de Shimabara , Amakusa Shirō , espérait résister aux forces gouvernementales attaquant des chrétiens comme lui, mais est assassiné. Peu de temps...